2006年05月26日

バベる!5世:obrotate

obrotateは任意の二面角を任意の角度に回転させるプログラムです。
obfitと同様にまずSMARTパターンに一致する部分構造を検索し、
回転の軸とする原子を決定します。

例としてブタンの二面角を0度から360度まで30度刻みで
回転させたいと思います。

$ obrotate "CCCC" butane.mol 1 2 3 4 0 > butane0.mol
$ obrotate "CCCC" butane.mol 1 2 3 4 30 > butane30.mol
$ obrotate "CCCC" butane.mol 1 2 3 4 60 > butane60.mol
....
....
$ obrotate "CCCC" butane.mol 1 2 3 4 360 > butane360.mol

ここで、butane.molは水素原子の付加されたbutaneのmolファイルであり、"CCCC"というSMARTパターンでbutane.mol内を検索することを指示しています。1 2 3 4はbutane.mol内の原子IDを示しているのではなく、SMARTパターン上の原子を示しています。最後の引数が指定した二面角の角度となります。

生成されたmolファイルからアニメーションgifを作ってみました。
指定どおり回転していることが分かります。
anime.gif

任意の二面角の回転は、化合物のコンフォメーション解析やドッキングなど利用できる場面が多くあると思います。obrotateはOELibを使ってシンプルに実装されていますので、興味のある方はソースコードをチェックしてみてください。


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posted by わばのり at 00:38| Comment(0) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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