2006年06月02日

Javaでケムインフォ

The Chemistry Development Kit(CDK)は、Javaのケム/バイオインフォマティクス用ライブラリです。Cologne University Bioinformatics CenterのSteinbeck博士らにより開発がはじめられ、今では10以上の研究機関が開発に参加しています。

CDKには、ケムインフォマティクスに関する様々なクラスが用意されています。あまりにもいろんなクラスが含まれているので、まずは、APIを覗いてみましょう。
http://cdk.sourceforge.net/api/
おお!クラス名を見るだけでワクワクしますね。
さらに、CDK Newsというものも発行されており、CDKに関する最新の話題など、情報がゲットできます。

CDKを使えば様々なことが簡単にプログラミングできるのですが、特に、以前の記事でも触れましたが、2D->3Dコンバータも作れます(ただし、その精度は各自が利用してみて判断してください)。

今回は、まず、CDKで何ができるのかを知るために、CDKを使ったWebサイトを利用することにします。
以下のサイトにアクセスして下さい。
http://www.chemistry-development-kit.org/
"Input"にあるJChemPaintに分子構造を入力し、[Import from editor]ボタンを押します。そうすると"QSAR"にAtomic polarizabilitiesなどのDiscriptorが計算されます。XLogPもありますね。その他に、"Analyze"には、分子量やSMILES表記が、"Atomic Qsar"には、部分電荷が、"Render3D"では、分子の3D座標がJmolにより表示されます。

CDKWeb.png

CDKを使うことにより、このようなシステムを容易に構築できるのです。

CDKは魅力いっぱいのライブラリです。インストール方法や、クラスの使い方など、これから少しずつメモを積み重ねていきたいと思います。



banner_02.gif
人気ブログランキング(クリックして応援してね)
posted by わばのり at 07:57| Comment(5) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

広告


この広告は60日以上更新がないブログに表示がされております。

以下のいずれかの方法で非表示にすることが可能です。

・記事の投稿、編集をおこなう
・マイブログの【設定】 > 【広告設定】 より、「60日間更新が無い場合」 の 「広告を表示しない」にチェックを入れて保存する。