2006年06月03日

BINDでタンパク質間相互作用を調べる

タンパク質間相互作用(PPI)は、転写、翻訳、複製、シグナル伝達など様々な細胞内の重要なプロセスを担っています。したがって、PPIに係わる膨大な研究成果をデータベース化することは、これまでに分かっている現象を単純に知るというだけではなく、新しい解釈、系統的な整理、知識化を導く可能性を秘めています。さらに創薬においても、標的タンパク質の選別、副作用の検討など創薬研究者に対する重要な情報源になっていると思います。

現在、多数のPPI Databaseが公開されています(以下のサイトをご参考に)。
http://www.blueprint.org/bind/bind_relateddatabases.html

今回は、PPIで有名なデータベースの1つであるBINDについてメモしたいと思います。私はBINDというと、どうしてもDNSサーバが真っ先に浮かんできてしまいます(笑)。

The Biomolecular Interaction Network Database (BIND)は現在、Commercial版とOpen Access版があります。
http://www.unleashedinformatics.com/index.php?pg=products&refer=bind
ここでは、Open Access版を利用したいと思います。

今回は、p53のPPIについて検索してみることにします。

1. Open AccessのBINDをクリックし、はじめて利用する場合は、ユーザ登録を、そうでない場合はログインする。

2. メイン画面上のSearch Boxにp53と入力し、GOボタンを押す。

3. p53のPPIリストが表示されるので、Mdm2とのPPIを示す"interaction 301661"をクリックする。
"interaction 301661"が表示されていなければ、Search Boxに"301661"と入力し、検索してもOKです。ちなみに、この数値はBIND Idです。
bind-n2.png

4. BIND id: 301661に関する情報が表示されるので、右側にある"Visualize using..."というリストボックスから"Interaction Network 3.5"を選択する。
すると、ソフトウェアのダウンロード(Java Web Start)がはじまる。

5. ダウンロードが終わり、ソフトウェアが立ち上がると以下の画面が表示される。
bind-n3.png
p53とMdm2が結合していますね。
BINDのおもしろいところは、"Function","Localization","Binding"に関連する情報を“絵”として表現しているところです。この“絵”の意味は右側に説明がありますので、瞬時にそのタンパク質の概要を知ることができます。

6. 最後に、Mdm2をダブルクリックする。
bind-n4.png
おお!Mdm2と相互作用するタンパク質がでてきました。
この操作を繰り返すことにより、PPIネットワークをサーフィンできるわけです。

この他にも様々な使い方があるようですので、興味のある方はお試しください。



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posted by わばのり at 09:29| Comment(0) | TrackBack(0) | その他ツール | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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