2006年06月05日

Javaでケムインフォ2

先日、Javaのケムインフォマティクス用ライブラリであるCDKを紹介しましたが、もう一つ有名なライブラリとして、JOELibがあります。JOELibは、OpenBabelのライブラリであるOELibのJava版です。とはいえ、OELibを単にJavaに置き換えたというだけでなく、JOELibにしかないクラスもあり、より拡張されたライブラリといえます。

個人的に、CDKは、多機能ではあるが、ややクラスの使い勝手が悪いところ及び一部に実装がまだ十分でないのでは?(新しい機能を積極的に取り入れているからでしょう)というところがあり、一方、JOELibはCDK程の多機能さはないが、クラスの使い勝手や実装も吟味されているという印象をもっています。

JOELibのおもしろそうなところは、Matlab interfaceを持っているところです。Matlabといえば、その汎用シミュレーションパッケージであるSimulinkも便利であり、制御系では必須のツールだと思います。さらに、最近では、システムバイオロジーの分野でも広く利用されていると思いますので、Matlab interfaceに関しては、ちょくちょく調べようと思っています。

ただ、どちらもケムインフォマティクスの基礎となるライブラリは十分に実装されていますし、JOELib中のJOEMolとCDK中のMoleculeクラスは変換可能ですので、2つのライブラリを同時に利用しながら、アプリケーションの開発もできます。

インストー方法も含め今後メモを積み重ねたいと思っています。



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posted by わばのり at 08:55| Comment(7) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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