2006年06月08日

Pythonでケムインフォ:sdfの読み込み

今回は、Frownsを用いたsdfの読み込みについてメモしたいと思います。
FrownsのHPTutorialに例がありますので、これとは少し異なる方法をとってみます。
ちなみにTutorial中の例は古いバージョンのFrownsを使っている?と思われるため、Ver.0.9aを使う場合は、トップページ上にあるMOL File(example4.py)を利用した方がいいと思います。下記プログラムもVer.0.9aを用いています。

まず、組み込み関数open()に引数としてsdfのファイル名を渡します。そして、その戻り値をMDLモジュール内のsdinクラスの__init__メソッドに渡すことにより、そのインスタンスmdl_infoを生成させます。

次にwhile文を使ってsdfから順次分子を読み込み、それら分子のCanonical Smiles表記を表示します。
ここで、mol_info.next()は3つの戻り値をタプルで返します。
molにはMoleculeクラスのインスタンス、errにはエラーメッセージ、textには、sdfの中身がtextとして収められています。

while文からの脱出は、StopIterationにより行っています。





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posted by わばのり at 08:01| Comment(0) | TrackBack(0) | Frowns | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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