2006年06月11日

CDK:出力形式について

昨日の記事で、CDKを用いてMDL mol形式の入出力を行いました。出力されたmolファイルを分子Viewerに読み込ませても表示されないという方がいるかもしれません。

この原因は、CDKの出力するmol形式のBond Blockにあります。CDKではBond Blockは例のように第7fieldまで出力します。

例:
2 1 1 0 0 0 0

私の記憶では、この第7fieldは“reacting center status”だったと思いますので、CDKの出力は妥当だと思うのですが...?(仕様書確認しないと)

一部の分子Viewerでは、この第7fieldがあると分子が表示されないことがあるようですので、解決策として、以下のように第7fieldを単純に削除すればOKです。

例:
2 1 1 0 0 0

この作業を全て手作業でやるのは大変ですので、スクリプトを書くか、もしくは、babelでmol形式からmol形式に変換することにより解決できます。

$ babel -imol input.mol -omol output.mol

babelも第7field出さないみたい....



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posted by わばのり at 07:29| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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