2006年06月20日

PDBの二次データベース

現在、Protein Data Bank(PDB)には、約37000の立体構造が登録されているようです。年ごとの登録数をみると指数関数的に増加していますね。PDBの成熟に伴い、多くの二次データベースが派生していると思いますが、私自身は低分子とタンパク質の複合体構造に興味があるので、これに関連しそうなデータベースをメモしておきます。

MSDChem
 PDB中のLigandを部分構造,Fragments,Fingerprintなどで検索ができる。

The PDBbind Database
 Protein-ligand複合体の実測binding affinityデータが収められている。

Computed Ligand Binding Energy(CLiBE) Database
 コンピュータで計算したprotein-ligand複合体の相互作用エネルギーが収められている。

HIV Protease Database:
 HIV-1,HIV-2,SIVの立体構造が整理されて収められている。

Protein Ligand Database (PLD):
 Protein-ligand複合体のbinding affinityデータが実測/計算値共に収められている。



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posted by わばのり at 08:21| Comment(0) | TrackBack(0) | その他ツール | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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