2006年06月23日

Pymolの小技

タンパク質の活性部位に2つの異なる化合物を同時に表示させたいことがよくあると思います。例えば、PDBファイルに

 タンパク質
 TER
 化合物1
 TER
 化合物2

と記述し、PymolでOpenしてみると下図のように2つの化合物が融合してしまい何じゃこれっとなってしまいます。他の分子Viewerの中にはTERで区切ってさえいればきちんと認識してくれるものもあります。

sp2.png

単純な解決方法として、

 タンパク質
 TER
 分子A

というファイルと、

 分子B

というファイルを2つ作り、1つめのファイルをOpenしたあと、続けてもう1つのファイルをOpenすれば2つの分子がきちんと分離されます。
sp1.png


banner_02.gif
人気ブログランキング(クリックして応援してね)



posted by わばのり at 08:18| Comment(0) | TrackBack(0) | 分子グラフィクス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

広告


この広告は60日以上更新がないブログに表示がされております。

以下のいずれかの方法で非表示にすることが可能です。

・記事の投稿、編集をおこなう
・マイブログの【設定】 > 【広告設定】 より、「60日間更新が無い場合」 の 「広告を表示しない」にチェックを入れて保存する。