2006年07月02日

PubChem

PubChemは低分子情報を提供しているデータベースであり、NCBIにより開発されたものです。
"PubChem Comound","PubChem Bioassay","PubChem Substance"の3つのカテゴリーから構成されています。

PubMedを利用されている方は、検索Wordを入力するBoxの左側にあるSearchのList Boxを見ると、上記3つが選択可能であることが分かると思います。

例えば、生薬成分の1つであるbaicaleinについて、その構造式、物性、生理活性などをPubmedを使ってabstractベースに調べるのは、時間のかかる作業だと思います。この作業を全て代替してくれるわけではありませんが、PubChemを利用すると、構造式,IUPAC,Mw,XLogP値などを簡単に調べることができます。さらに、baicaleinのassayの結果として、以下の4つのassay結果が登録されており、このうち3つでActiveであると記載されております。

 NCTR Estrogen Receptor Binding Database (NCTRER)
 Compound Screen Assay, Human AKR1C4
 Compound Screen Assay, Human CLK1
 NCI AIDS Antiviral Assay

あとは、化合物名を入力しなくとも、部分構造検索も可能ですので、興味のある化合物(骨格)及びその類似体の生理活性を調べる用途にも使えると思います。ユーザーインターフェースはPubMedユーザには、お馴染みのものですので、使いやすいと思います。

さすがに生物医学分野の利用者を対象としているだけあって、ユーザの要求分析がしっかりなされたデータベースだなと思います。


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posted by わばのり at 15:21| Comment(0) | TrackBack(0) | その他ツール | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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