2006年07月14日

JOELibで塩・溶媒分子の除去

JOELibでは、CDKのConnectivityCheckerクラスに相当するクラスとして、ContiguousFragmentsクラスがあります。2つ以上の分子が1つのmolファイルに含まれる場合、以下のコードでそれらを分割できます。

 ContiguousFragments cf = new ContiguousFragments();
 JOEMolVector molv = cf.getFragmentation(mol);
 for(int i=0;i<molv.getSize();i++){
  JOEMol frag = new JOEMol(inType,outType);
  frag = molv.getMol(i);
  //処理
  ....
 }

先日のCDKの記事と同様に最も原子数の多い分子を選択すれば、ほとんどの場合、塩・溶媒分子などを除去できます。
幸いなことに、JOELibのJOEMolクラスにはstripSalts()メソッドが実装されており、このメソッドは上記の処理と同等な処理をしてくれますので便利です。


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posted by わばのり at 07:45| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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