2006年07月16日

ScreeningAssistant その2

今回は、ScreeningAssistantのインストールからデータベースの構築までをメモしたいと思います。ScreeningAssistantは以下のURLのdownloadから取得できます。
 http://www.univ-orleans.fr/icoa/screeningassistant/index.html
ScreeningAssistantを利用するためには、以下の3つのソフトウェアが必要です。
 Java 5 JRE, Java3D, EasyPHP(MySQL)
ただし、他のserverで稼動しているMySQLを利用できる場合は、EasyPHPのインストールは必要ありません。また、EasyPHPではなく、単にMySQLをインストールしても問題ないと思います。

現在、ScreeningAssistantはWindows版のみが配布されております。ただしソースコードも入手できますので、他の環境でもがんばれば動作するかもしれません。インストール自体は、上記3つのソフトウェアをインストール後、入手した"SAb02.exe"を実行するだけです。

インストールが完了すると、デスクトップにScreeningAssistantへのショートカットが作成されますので、W-clickします。ScreeningAssistantが立ち上がり、"Structure Viewer"のみが表示されていると思います。まず、データベースの作成から行います(EasyPHPの起動をお忘れなく)。メニューから[Database]->[New]を選択すると"MySQL Account"ダイアログが現れます。EasyPHPのデフォルトではこのままOKをclickすれば認証されます。

sa2.png

続いて、"Open Database"ダイアログが表示されます。今回は、LigandInfoで公開されているsdfを利用し、データベースを構築したいと思います。"Create new"にligandinfoと入力し、Createボタンをclickします。そうするとSelect Databaseにligandinfoが表示されますので、選択してOpenボタンをクリックします。

sa3.png

Openボタンを押すと、"DataBase Viewer"が表示されますので、メニューから[Database]->[Append]を選択します。

sa4.png

そうすると"Append File"ダイアログが表示されますので、File/Dir.にLigandInfoから取得したChemBankのデータファイル名を入力します。ID FieldにはIDをCas Fieldはnoneを選択します。そしてProvider情報として今回は、ChemBankと入力し、最後にOKボタンをclickします。

sa5.png

これで、データベースへの登録作業がスタートします。登録が終了すると"DataBase Viewer"に化合物情報が表示され、データベースの構築ができたことになります。


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posted by わばのり at 10:25| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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