2006年07月26日

JOELibで分子のfragmentation

前回CDKで分子のfragmentationを行いました。JOELibでは、SMARTSFragmentationクラスを用いることで、SMARTSパターンを利用したfragmentationができます。

今回は、例として、ペプチド結合(アミド結合)を切断することにより分子のfragmentationを行ってみます。まずは、SMARTSパターンをVectorにaddします。ここでは、1つのパターンしかaddしていませんが、複数のSMARTSパターンをaddすることにより、様々なパターンで切断することができます。

 JOEMol mol = new JOEMol(inType,outType);
 String smartsPattern = "NC(=O)C";
 Vector smarts_vec = new Vector();
 smarts_vec.add(smartsPattern);

次に、SMARTSFragmentationクラスのインスタンスを作成し、SMARTSパターンの入ったVectorをsetします。

 SMARTSFragmentation sf = new SMARTSFragmentation();
 sf.setPattySMARTS(smarts_vec);

最後に、getFragmentation(JOEMol mol)メソッドにより分子のfragmentationを行います。結果はJOEMolVectorとして返ってきます。

 sreader.readNext(mol);
 JOEMolVector mol_vec = sf.getFragmentation(mol);
 for(int i=0;i<mol_vec.getSize();i++){
  swriter.writeNext(mol_vec.getMol(i));
 }

以下の図は、Ala-Glu-Tyrをfragmentationした例です。

frag_smarts.png


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posted by わばのり at 08:27| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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