2006年08月04日

Global Protein Surface Survey Plugin

PymolのpluginにGlobal Protein Surface Survey(GPSS)というpluginが公開されていますが、かなり便利だと思います。タンパク質のpocketやcavityの提示だけではなく、ligand binding surfaceやDNA binding surfaceなども提示してくれます。実際の計算はpluginで行っているのではなく、CASTpCSAのデータを利用しているようです。

インストールは簡単で、GPSSのサイトからGPSSpyMOL.pyを取得して、$PYMOLPATH/module/pmg_tk/startup/にコピーするだけです。

具体的には、以下の様なグラフィクスが描画され、pocketの形状がよく分かります。

plugin.PNG


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posted by わばのり at 08:30| Comment(0) | TrackBack(0) | 分子グラフィクス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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