2006年09月01日

CDKでねじれ角の計算

CDKで結合原子距離、結合角、ねじれ角の計算を行ってみます。これらの値は、分子力場計算には必須ですね。CDKでは、ForceFieldToolsクラスを用いてこれらの値を取得できます。


 GVector gv = ForceFieldTools.getCoordinates3xNVector(mol);

 double bond_length = ForceFieldTools.distanceBetweenTwoAtomsFrom3xNCoordinates(gv, 0, 1);
 double angle1_3 = ForceFieldTools.angleBetweenTwoBondsFrom3xNCoordinates(gv, 0, 1, 2);
 double torsion_angle = ForceFieldTools.torsionAngleFrom3xNCoordinates(gv, 0, 1, 2, 3);

 System.out.println("Bond length: "+bond_length);
 System.out.println("Angle1_3: "+angle1_3);
 System.out.println("Torsion angle "+Math.toDegrees(torsion_angle));

tor.png

結合角はdegreeで返ってきますが、ねじれ角はradianで返ってくるので注意が必要です。


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posted by わばのり at 08:46| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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