2006年09月04日

Implicit HydrogenとExplicit Hydrogen

Implicit HydorgenとExplicit Hydorogenの違いをJOELibを使って確認したいと思います。

例として、エタンを用います。Ethane 1はmol形式中に水素原子を含んでおり、Ethane 2は含んでいません。

ethane2.png

 for(int i=1;i<=mol.numAtoms();i++){
  JOEAtom atom = mol.getAtom(i);
  if(!atom.isHydrogen()){
   System.out.println("Atom: "+i);
   int imp_H = atom.implicitHydrogenCount();
   int exp_H = atom.explicitHydrogenCount();
   System.out.println(" Implicit Hydrogen: "+imp_H);
   System.out.println(" Explicit Hydrogen: "+exp_H);
  }
 }

ethane 1の実行結果:
 Atom: 1
  Implicit Hydrogen: 3
  Explicit Hydrogen: 3
 Atom: 2
  Implicit Hydrogen: 3
  Explicit Hydrogen: 3

ethane 2の実行結果:
 Atom: 1
  Implicit Hydrogen: 3
  Explicit Hydrogen: 0
 Atom: 2
  Implicit Hydrogen: 3
  Explicit Hydrogen: 0

Implicit Hydrogenの算出は、水素原子を座標情報として明確に考慮する必要がない処理において、役に立つ機能ですね。


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posted by わばのり at 18:29| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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