2006年11月08日

CDKでHOSEコード

HOSE(Hierarchical Organization of Spherical Environments)コード[1]は、部分構造を表現するコードの1つです。ある原子を中心に球形の層を第1層、第2層、第3層...と考慮することによりコード生成を行います。

CDKでは、HOSECodeGeneratorクラスを用いることにより、HOSEコードを生成させることができます。この例では、Caffeic acidを用い、9番目の原子を中心に第3層までコード化しています。

 HOSECodeGenerator hcg = new HOSECodeGenerator();
 try {
  String HOSE_CODE = hcg.getHOSECode(mol, mol.getAtomAt(9), 3);
  System.out.println(HOSE_CODE);
 } catch (CDKException e) {
  e.printStackTrace();
 }

出力(HOSEコード):
 C-2;=CC(C,=OO/=CC,,/)

HOSECode.png

HOSEコードは、C13 NMRスペクトルの予測に用いられていることで有名ですね。

[1] Anal. Chim. Acta. (1978) 103:355-365


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posted by わばのり at 08:48| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

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