2006年05月20日

Windowsでバベる!

Babelといえば有名な化学構造のファイル変換ソフトウェアです。普段はもっぱらLinuxを使っているのですが、Windows上でも動かしたいとなと思いインストールしてみました。

今回はOpenBabelをソースからコンパイルしたいと思いますので、Cygwin上で作業を行います。Cygwinをインストールしていない場合は、まずはCygwinのインストールが必要です。

OpenBabelは以下のサイトより入手できます(現在のバージョンは2.0.1)。
http://openbabel.sourceforge.net/

openbabel-2.0.1.tar.gzを作業ディレクトリにコピーします。
$ cp openbabel-2.0.1.tar.gz (作業ディレクトリ)

作業ディレクトリに移動して、展開します。
$ tar zxvf openbabel-2.0.1.tar.gz

コンパイル・インストール作業です。
$ cd openbabel-2.0.1
$ ./configure
$ make
$ make install

無事にインストールできました。正直Cygwin上で一発でインストールできるとは思ってなかったので、Cygwin恐るべしっという感じです。

Babelの使い方はいたってシンプルです。
例)mol形式から水素原子を付加してPDB形式へ変換
$ babel -imol test.mol -opdb test.pdb -h

変換可能なファイル一覧は
$ babel -H
で取得できます。

mol2形式に変換するとGasteiger-Marsili法で計算された部分電荷が得られます。
$ babel -imol test.mol -omol2 test.mol2 -h
部分電荷はドッキングソフトウェアで利用したりできますので、役にたつと思います。

実は、以上のようなファイル変換はOpenBabelの一面にすぎません。
OpenBabelは、高機能なAPIを提供しており、これを利用することにより、SMILESによる部分構造検索や、分子構造の重ね合わせなど様々なことができるのです。しかも、OpenBabelはオープンソースですので、ケムインフォマティクスのエッセンスの詰まったソースコードを実際に見ることができ、学習するには最適な教材にもなります。具体的なプログラミングの仕方は、ぼちぼちメモしたいと思っています。


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posted by わばのり at 12:25| Comment(0) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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