2006年05月23日

バベる!4世:obfit

obfitは、分子の重ね合わせを行うことができます。特徴は、任意に指定したSMARTパターンに一致する部分構造をベースとして、重ね合わせを行うところにあります。もっとも単純な実装の1つとして、各分子ごとに3つの原子を任意に指定し、これをベースに重ね合わせを行うというものが挙げられますが、自動化には不向きです。obfitのように部分構造検索と組み合わせれば、複数分子の重ね合わせを瞬時に得ることができ便利ですね。

obfitの使用例として、下の化合物Aに化合物Bを重ね合わせたいと思います。ここで、重ね合わせに用いるSMARTパターンは"n1c(ccn1C)"とします。

babel2.png

$ obfit "n1c(ccn1C)" compA.mol compB.mol > compBm.mol

compBm.molは、compA.molに重ね合わせを行ったcompB.molの座標をもっています。
次に、重ね合わせの結果を見てみます。

compAB.png

おお!見事に重なっていますね。

今回は、SMARTパターンとして、化合物Aと化合物Bの最大共通部分構造(Maximum Common Substructure:MCS)を用いています(目視で選択)。OpenBabelでは、まだMCSは実装されていないと思いますが、そのうち実装されると期待しています。分子の重ね合わせは、ファーマコフォアの推定や3D-QSARの前処理に必須ですので、利用価値が高いと思います。


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posted by わばのり at 08:56| Comment(0) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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