2006年05月24日

PDFで分子グリグリ!

みなさんのお気に入りの分子ビューワは何ですか?描画のきれいなソフトウェアは多くありますが、私はRasmolが一番好きです。何といってもあのレスポンスの良さが使っていて快適だからです。細かい作業はスクリプトで行えばいいですし、それなりに見栄えのよい図も作れますしね。

さて、最近AdobeからAcrobat3Dという製品が発表されました。3D CADフォーマットをPDFに変換でき、そのPDF上で3Dモデルをグリグリと動かせるとのこと。しかもOpenGLで描画しているソフトウェアに対しては、プリントスクリーン経由でデータをキャプチャーし、PDFが作れるそうです。

今回は、Acrobat3DとPymolを使って、PDFで分子をグリグリさせるまでをメモしたいと思います。

1.Acrobat3Dを起動
[PDFの作成]->[3D Capture]
img1.png

2.Pymolを起動
適当な分子を読み込んで、stick表示などにする。
そして、プリントスクリーンを押す。
img2.png

3.PDF変換に関する諸設定
プリントスクリーンを押すと以下のダイアログが表示されるので、
必要であれば変更してOKを押す。
img3.png

4.PDFの出来上がり!
img4.png

あまりにもシンプルにPDFが作れたので驚きました。すごい!
(ただし、pymolからはじめてデータをキャプチャーするときは、
pymolをAcrobat3Dに登録するなど諸設定を促すダイアログがでます)

今後、いろんな分野のJournalなどで利用されるのではないでしょうか。
最後に今回作成したpdfをアップしておきます。

molecule.pdf

Adobe Reader7.0以上でpdfを開いてください。分子が表示されると思います。分子の上あたりでマウスを右クリックすると“3Dをアクティブにする”とでますので、選択してください。そうするとグリグリできます。元に戻すには、同様にマウスを右クリックし、“3Dを非アクティブにする”を選択すればOKです。



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posted by わばのり at 12:56| Comment(0) | TrackBack(0) | 分子グラフィクス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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