2006年05月27日

2D-3Dコンバータ

化学構造の2次元情報から3次元構造の構築は、化学、創薬など様々な分野で利用されている重要な技術だと思います。多くの商用ソフトウェアが市販されていると思いますが、今回は、Web上で簡単に2D->3Dコンバートを試すことができるCORINAについてメモしたいと思います。

CORINAは、ケムインフォマティクスの分野で最も有名な研究者の一人であるGasteiger博士の研究グループで開発されたソフトウェアです。Gasteiger博士といえば、他にもGasteiger-Marsili法、CACTVS、WODCA、PETRAなどご存知のとおり、多くの著名な業績を有する研究者ですね。

それでは、CORINAについてメモしたいと思います。
1. 以下のCORINAのサイトにアクセスする。
http://www2.chemie.uni-erlangen.de/software/corina/free_struct.html

2. 構造入力
図左にあるJMEで直接構造を書いてもかまいませんが、今回は、JMEで書くにはちょっとしんどいキラル中心を9つもつ以下の分子を図右のOptionsに直接入力します。

入力構造:N1[C@@]23[C@@H]([C@H]4[C@]([C@@H]([C@@H]2[C@H](NC1=[NH2+])O)O[C@@]([C@H]3O)(O4)[O-])(O)CO)O

co3D-3s.png

3. 3次元化
上の画面で"Generate 3D Structure"ボタンを押すとアプレットが立ち上がり生成された3次元構造を見ることができます。

co3D-4s.png

おお!お見事!適切な3次元化だと思います。

このようなコンバータは、SBVSを行う研究現場では必須なツールだと思います。ただ初めから適切に3D化された化合物のライブラリがほしいなというニーズもあったらしく、ZINCという便利なサイトが公開されています。
http://blaster.docking.org/zinc/

ZINCは論文としてPublishされているので、3D構造の生成手法など読んで把握しておくといいと思います。
Irwin and Shoichet, J. Chem. Inf. Model. 2005;45(1):177-82

あと、いわゆるフリーソフトを用いても、一応(改良の余地があると思いますが)、2D-3Dコンバートできますので、後日メモしますね。


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posted by わばのり at 10:38| Comment(0) | TrackBack(0) | その他ツール | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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