2006年05月30日

PyMolで超簡単分子グラフィクス

PyMolの機能の1つにpresetというものがあります。これを使うと簡単にProtein/Drug相互作用部位にフォーカスしたグラフィクスをゲットすることができます。

ここでは、HIVプロテアーゼ/阻害剤の結晶構造を利用したいと思います。まずは、Protein Data Bankにアクセスし、3AIDを取得します。

1. PDBファイルの読み込み
Pymolを起動->[File]->[Open]->3AIDを読み込む。

2. グラフィクスの作成
画面右側の3AIDの横にあるA(Actions:)ポタンをクリックし、
[preset]->[ligand sites]->[transparent(better)]と選択。
pymol1.png

3. レイトレイシングの実行
画面右上のRayボタンを押す。もしくはコマンドラインから"ray"とタイプする。そして、[File]->[Save Image]により、PNGで保存できます。
pymol2.png

おお!なかなか綺麗です。
このグラフィクスって、Bioorg.Med.Chem.あたりでもよく見かけますよね。
あとは、好みで配色やラベルなどを付加すれば、プレゼンや論文でも十分使えると思います。

最後に、背景を白に変えて([Display]->[Background]->[White])、左右に動かしてみます(右上のRockボタンを押す)。
anime_pymol.gif



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posted by わばのり at 22:47| Comment(0) | TrackBack(0) | 分子グラフィクス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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