2006年06月10日

CDK:ファイル入出力

CDKを使って分子ファイルの入出力を行いたいと思います。まずは、ビルドされたCDKのjarファイルを取得し、クラスパスに追加してください。

http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=20024

Eclipseを利用されている方は、[Project]->[Properties]->[Java Build Path]を選択->[Libraries]タブをクリック->[Add External JARs]をクリックし、cdk-20050826.jarを追加してください。

今回は、MDL molファイルを入力し、単純に出力することにします。インラインフレームにソースコードを載せていますので、参考にしてください。
molファイルの入力には、MDLReaderクラスを利用します。ここで、ちょっと分かりにくい部分は、readメソッドの使い方だと思います。readメソッドは、引数にChemObjectのサブクラスのオブジェクトを渡す必要があります。今回はMoleculeクラス(ChemObjectのサブクラスの1つです)を使いますので、以下のように記述します。

mol = (Molecule)mr.read(new Molecule());

出力はMDLWriterクラスを使います。

mw.writeMolecule(mol);

その他の分子フォーマットの入出力を行いたい場合、例えば、PDB形式であれば、PDBReader, PDBWriterクラスを使えばできます。利用法もほぼ同じですので、必要に応じてXXXReader, XXXWriterクラスを探してみてください。
CDK API: http://cdk.sourceforge.net/api/





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posted by わばのり at 11:35| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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