2006年06月28日

JOELibでRDFコードの計算

RDFコードは3次元descriptorの1つで、RDF(動径分布関数)に基づいて考案されたものです。JOELibではRDFコードを計算するためにRadialDistributionFunctionクラスが用意されています。
基本的な使い方は次のようになります。

RadialDistributionFunction rd = new RadialDistributionFunction();
DescResult result = rd.calculate(mol);
double v[] = ((APropDoubleArrResult)result).value;

最終的には、double[]として結果を受け取るのですが、その際、
(APropDoubleArrResult)をどのようにして知るかというと、RadialDistributionFunctionクラスのgetDescInfo()メソッドとDescriptorInfoクラスのgetResult()メソッドを次のように使うとできます。

DescriptorInfo di = rd.getDescInfo();
System.out.println(di.getResult());
出力:joelib.desc.result.APropDoubleArrResult

RDFコードで使われている原子の物性はデフォルトではGasteiger_Marsiliになっています。
RDFコードは、分子の回転や並進に依存しない3次元descriptorですので、分子の重ね合わせをしなくとも分子間のRDFを比較することができ、便利です。
個人的にお気に入りのdescriptorですので、またメモしたいと思ってます。


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posted by わばのり at 08:32| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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