2006年06月29日

mol2ps:分子ファイルをpsファイルへ

mol2psは、sdf形式等の分子ファイルをpsファイルに変換するソフトウェアです。データベースに画像ファイルとして構造式を格納したり、印刷物に構造式を載せたりと様々な用途で利用できると思います。

インストールはとても簡単で、Windowsの場合ですと、mol2psのHPから"mol2ps-latest-win32.zip"をdownloadし、展開するだけです。
展開するとmol2ps.exeができます。

mol2psには以下の様な便利なオプションがありますので、好みの画像になるように調節できます。

Usage: mol2ps [options]
where is the file containing the molecular structure
(supported formats: MDL *.mol or *.sdf, Alchemy *.mol, Sybyl *.mol2)
if is "-" (without quotes), the program reads from standard input

valid options are:
--font=, default: Helvetica
--fontsize=, default: 14
--fontsizesmall=, default: 9 (for subscripts)
--linewidth=, default: 1.0 (linewidth in points; use 1 decimal)
--rotate=, default: auto (n,n,n specifies the
angles to rotate the molecule around the X, Y, and Z axis (in degrees)
--autoscale=, default: on (scales the molecule to fit the natural
C-C bond length)
--striphydrogen=, default: on (strips all explicit H atoms)
--hydrogenonhetero=, default: on (adds H to all hetero atoms)
--hydrogenonmethyl=, default: on (adds H to all methyl C atoms)
--hydrogenonstereo=, default: on (shows H if bond is "up" or "down")
--showmolname=, default: off (prints name above the structure)

それでは、実際に実行してみます。

$ mol2ps --fontsize=16 --linewidth=1.5 compound.mol > compound.ps

pngへの変換は、ImageMagickのconvertコマンドなどを用いて変換できます。
$ convert compound.ps compound.png

compound.png

かなりきれいな画像だと思います。また、--hydrogenonheteroオプション等で水素原子の付加の制御ができるところも魅力ですね。


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posted by わばのり at 00:21| Comment(2) | TrackBack(0) | 分子グラフィクス | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
もし、mol2psのMacでのインストール方法が記載されているサイトをご存知でしたら教えてください。

Mac OS X (x86) executable: mol2ps-latest-macosx-x86.gz をダウンロードして展開してみましたが、そのあとどうにもならなくてこまっております。
Posted by ふくしま at 2014年07月24日 15:46
すみません、書いてありました。

「Copy this program file into a directory which is in your search path (e.g., /usr/local/bin or C:\UTIL)」

で、実行権を与えればOKでした。
Posted by るっちょ at 2014年07月24日 16:00
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