インストールはとても簡単で、Windowsの場合ですと、mol2psのHPから"mol2ps-latest-win32.zip"をdownloadし、展開するだけです。
展開するとmol2ps.exeができます。
mol2psには以下の様な便利なオプションがありますので、好みの画像になるように調節できます。
Usage: mol2ps [options]
whereis the file containing the molecular structure
(supported formats: MDL *.mol or *.sdf, Alchemy *.mol, Sybyl *.mol2)
ifis "-" (without quotes), the program reads from standard input
valid options are:
--font=, default: Helvetica
--fontsize=, default: 14
--fontsizesmall=, default: 9 (for subscripts)
--linewidth=, default: 1.0 (linewidth in points; use 1 decimal)
--rotate=, default: auto (n,n,n specifies the
angles to rotate the molecule around the X, Y, and Z axis (in degrees)
--autoscale=, default: on (scales the molecule to fit the natural
C-C bond length)
--striphydrogen=, default: on (strips all explicit H atoms)
--hydrogenonhetero=, default: on (adds H to all hetero atoms)
--hydrogenonmethyl=, default: on (adds H to all methyl C atoms)
--hydrogenonstereo=, default: on (shows H if bond is "up" or "down")
--showmolname=, default: off (prints name above the structure)
それでは、実際に実行してみます。
$ mol2ps --fontsize=16 --linewidth=1.5 compound.mol > compound.ps
pngへの変換は、ImageMagickのconvertコマンドなどを用いて変換できます。
$ convert compound.ps compound.png

かなりきれいな画像だと思います。また、--hydrogenonheteroオプション等で水素原子の付加の制御ができるところも魅力ですね。

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Mac OS X (x86) executable: mol2ps-latest-macosx-x86.gz をダウンロードして展開してみましたが、そのあとどうにもならなくてこまっております。
「Copy this program file into a directory which is in your search path (e.g., /usr/local/bin or C:\UTIL)」
で、実行権を与えればOKでした。