2006年07月05日

OpenBabelの小技

mol/sdf形式中のbond typeは、次の様に定義されています。
1=Single, 2=Double,
3=Triple, 4=Aromatic,
5=Single or Double,
6=Single or Aromatic,
7=Double or Aromatic,
8=Any
例えば、ナフタレンの場合、全ての結合は4としてもOKとなります。したがって、4と指定されたナフタレンのmol形式ファイル(naft.mol)を分子表示ソフトで見ると、下図左のような表記になります。しかしながら,下図右のような表記を希望する方も多いと思います。このような場合、4のbond typeを適切に2と1のbond typeへと変換する必要がありますが、当然、手作業でやりたくありません。
Openbabelでは、単純にmolからmolへ変換することにより、上記作業を実現することができます。

 $ babel -imol naft.mol -omol naft2.mol

ben.png

ネット上で公開されている化合物のsdf形式は、bond typeが4と指定されているものが多くありますので、この小技を使えばbond typeを1,2に戻せると思います(ただし、全てのケースにおいてうまく戻せるのかは分かりません)。それなりに使える機会があるのではないでしょうか。


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posted by わばのり at 08:02| Comment(0) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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