2006年07月09日

CDKでsmi2sdf その2

CDKを使って化合物の2次元座標を生成するソースコード(smi2D.java)を下に示します。参考にしてください。
さて、今回はsmi2Dを使って、実際にSMILESから2次元座標を生成したいと思います。例として用いる化合物を下記に示します。

examples.smi:
 [N+](=O)([O-])c1cc(cc(c1O)Cl)[N+](=O)[O-] CompA
 Oc1c2c(nc(n1)N)[nH]nc2 CompB
 C[C]12[CH]([CH]3[CH]([C]4(C)C(=CC(=O)CC4) \
 CC3)[CH](C1)O)CC[C]2(C(=O)COC(=O)C)O CompC

実行:
 $ java smi2D examples.smi examples.sdf

生成された2次元座標は次のようになります。画像はbabelの小技mol2psを使って作成しました。

2dcoord.png

うまく生成できていると思います。
大量の化合物の2次元座標を生成すると、中には生成できない構造もあります。その場合、sdf中のx,y,z座標のところに?が入ります。このsdfをそのままbabelにかけるとうまく動作しないようですので、?を0などの適当な数値に変換することにより、とりあえずは動作するようになります。

smi2D.java



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posted by わばのり at 11:00| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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