2006年07月17日

ScreeningAssistant その3

今回は、実際にScreeningAssistantを使って、化合物のフィルタリングを行ってみます。ScreeningAssistantを起動し、メインメニューから[Database]->[New]を選択すると、"Open database"ダイアログが開きます。前回構築したligandinfoを選択し、Openボタンをclickすると、"DataBase Viewer"が開き、操作可能な状態になります。

まずはデータベース内の化合物の分布をいくつかの視点から確認してみます。"DataBase Viewer"のメニューから、[Charts]->[Pie Charts]->[Compounds Repertition]を選択すると、化合物の総数に対するサプライヤーの割合がわかります(この例では、サプライヤーではなくChemBankとChemPDBですが)。

sa6.png



次に、Chemical Spaceを視覚化したいと思います([Charts]->[Chemical Space])。

sa7.png

ScreeningAssistantのメインな機能といえるフィルタリングを行ってみます。"DataBase Viewer"の虫眼鏡みたいなアイコンをclickすると"Compounds Selection"ダイアログが表示されます。フィルタはQuery部分で定義するのですが、ここではMwは500以下(mw <= '500')、反応性の高い官能基はなし(is_reactive = '0')、logPは5以下(logP <= 5)を満たす化合物を取得するフィルタを定義します。OKボタンをclickすると実行され、"DataBase Viewer"上に反映されます。

sa8.png

ファイルへの出力は、"DataBase Viewer"のメニューから[Database]->[Export]を選択し、表示される"Export"ダイアログで行います。ここでは、ExportしたいFieldも選択できます。さらに、Diversityを考慮して出力する化合物数も調節できます。

sa9.png

ちなみに、反応性の高い官能基等の設定は、メインメニューの[Configure]->[Structural Filters]からSMARTSにより設定できます。

sa10.png

データベース管理の知識がなくても簡単に操作できますし、GUIもなかなか良いと思います。重複分子はImportの際、自動的に削除されているみたいです。それにしても便利なソフトウェアだと思います。


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posted by わばのり at 21:35| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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