2006年07月25日

JOELibで分子画像の作成

JOELibで分子画像を出力したいと思います。分子画像の作成には、Mol2Imageクラスを利用します。instance()メソッドでインスタンスを作成した後、setDefaultHeight(int height)とsetDefaultWidth(int width)メソッドを用いて、高さと幅のピクセル数を指定します。

 Mol2Image image = Mol2Image.instance();
 image.setDefaultHeight(350);
 image.setDefaultWidth(350);

Mol2Imageクラスには、SMARTSパターンに一致する部分をハイライトして表示する機能がありますので、SMARTSパターンを定義します。
 
 String smartsPattern = "c1ccccc1";
 JOESmartsPattern smarts = new JOESmartsPattern();
 if(!smarts.init(smartsPattern)){
  System.err.println("Invalid SMARTS pattern.");
 }

次に、mol2image(JOEMol mol, JOESmartsPattern smarts)メソッドを用いて画像を作成します。画像はBufferedImageとして返ってきます。

 sreader.readNext(mol);
 BufferedImage bimage = null;
 bimage = image.mol2image(mol,smarts);

最後に、png形式でファイル出力することにします。

 ImageIO.write(bimage,"png",new File("test.png"));

test.png

SMARTSパターンによるハイライト機能は便利ですね。


banner_02.gif
人気ブログランキング(クリックして応援してね)



posted by わばのり at 08:24| Comment(0) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
コメントを書く
お名前:

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント:

認証コード: [必須入力]


※画像の中の文字を半角で入力してください。

この記事へのトラックバック