Global Protein Surface Survey Plugin

PymolのpluginにGlobal Protein Surface Survey(GPSS)というpluginが公開されていますが、かなり便利だと思います。タンパク質のpocketやcavityの提示だけではなく、ligand binding surfaceやDNA binding surfaceなども提示してくれます。実際の計算はpluginで行っているのではなく、CASTpやCSAのデータを利用しているようです。

インストールは簡単で、GPSSのサイトからGPSSpyMOL.pyを取得して、$PYMOLPATH/module/pmg_tk/startup/にコピーするだけです。

具体的には、以下の様なグラフィクスが描画され、pocketの形状がよく分かります。





人気ブログランキング(クリックして応援してね)