2006年08月07日

OpenBabelでsimilarity search

OpenBabelでは、3種類のfingerprintを利用してsimilarity searchを行うことができます。fingerprintの比較はTanimoto coefficientで行われています。

それでは、実際にsimilarity searchをしてみます。

 $ babel 'query.smi' 'mydata.sdf' -ofpt -xfFP2

 結果:
 > Tanimoto from first mol = 0.166667
 > Tanimoto from first mol = 0.285714
 > Tanimoto from first mol = 0.27027
 ・
 ・
 > Tanimoto from first mol = 0.0802469
 > Tanimoto from first mol = 0.149425
 > Tanimoto from first mol = 0.122449
 39 molecules converted

ここでは、query.smiとmydata.sdfに含まれる全ての分子との間のTanimoto coefficientが計算されています。-xfFP2はfingerprintにFP2を利用することを示しています。fingerprintの種類は以下のコマンドで知ることができます。

 > babel -F
 FP2 -- Indexes linear fragments up to 7 atoms.
 FP3 -- SMARTS patterns specified in the file patterns.txt
 FP4 -- SMARTS patterns specified in the file SMARTS_InteLigand.txt

patterns.txtとSMARTS_InteLigand.txtは、通常、/usr/local/share/openbabel/2.0.2などにインストールされていると思います。このファイルに独自にpatternを追加すればオリジナルのfingerprintで探索ができます。


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posted by わばのり at 08:47| Comment(0) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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