2006年08月09日

CDKとJmolの連携

CDKからJmolを利用する方法についてメモしたいと思います。最も簡単な方法は、CDK News, 2.1(2005)で記載されているCdkJmol3DPanelクラスの利用だと思います。ただし、私の利用したCDK及びJmolのバージョン(cdk-20050826,Jmol 10.00)では、CdkJmol3DPanelクラスは動作しませんでした。ネットで調べると、CdkJmol3DPanelクラスとほぼ同等のJmolPanelクラスが公開されており、こちらでは問題なく動作しました。ソースを見るとJmolViewerクラスの使い方が異なっていることが分かりました。また、CDKとJmolの連携に重要なCdkJmolAdapterクラスの使い方もJmolPanelクラスから知ることができます。

JmolPanelクラスさえ使えればあとは簡単です。

 JmolPanel jp = new JmolPanel();
 jp.setMol(mol);
 JFrame frame = new JFrame();
 Container cont = frame.getContentPane();
 cont.add(jp);
 frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 frame.pack();
 frame.setBounds(10,10,300,300);
 frame.setVisible(true);

こんな感じでJmolが利用できます。
cdkjmol.png


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posted by わばのり at 07:55| Comment(2) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
わばのりさんこんにちは

CDKはcdk-20060714.jarが最新のようですが、クラスがかなり変更されていて、cdk-20050826.jarでは動いていた自作プログラムがcdk-20060714.jarではだめになるようです。

わばのりさんはcdk-20050826.jarをしばらく使い続けていかれるのですか?
Posted by こた at 2006年08月09日 17:30
こたさん:
 私ももう少しcdk-20050826.jarを使い続けようかなと思っています。今回の記事はcdk側のバージョンの問題だけでなく、Jmolのバージョンの問題もありました。Jmol10.00ではorg.jmol.adapter.cdk下にCdkJmolAdapterクラスが置かれていたのですが、最新の安定版であるJmol10.2ではここには置かれておらず、CdkJmolAdapterクラスを利用できませんでした。Bioclipseの方に移行されたのかな?と思いつつも使い方がよく分からずJmol10.00を使いました。cdk-develなどのメーリングリストで動向はチェックをしているのですが、勉強不足なこともあり、なかなか対応に苦しんでいるのが現状です。
Posted by わばのり at 2006年08月09日 23:26
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