2006年08月21日

MMTK: Energy Minimization その2

Energy Minimizationのパラメータはsteps以外にもstep_sizeとconvergenceがあります。それぞれdefault値は以下のとおりです。

step_size = 2 pm
convergence = 0.01 KJ/mol/nm

MMTKでは単位の記述はUnitsモジュールを利用すると便利です。

 from MMTK import Units

具体的にEMのパラメータ設定は、以下のように記述することができます。

 minimizer(steps = 200, step_size = 0.04*Units.Ang, convergence = 0.02*Units.kJ/(Units.mol*Units.nm))


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posted by わばのり at 19:24| Comment(0) | TrackBack(0) | MMTK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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