2006年08月23日

MMTK: Normal Mode Calculation

MMTKを使ってNormal Modeの計算を行ってみます。Energy Minimizationの後、以下の作業で計算できます。

 #Normal Modes
 modes = NormalModes(universe)

 #Print mode
 for mode in modes:
  print mode

 #View
 view(modes[6])

ここでは、以下のモジュールのimportが必要となります。

 from MMTK.NormalModes import NormalModes

最後のviewで各モードを分子Viewerで視覚化でき、とても便利なのですが、Windows上で実施する場合、いくつか注意点があります。まずは、環境変数PDBVIEWERに分子Viewerの名前を指定します。現在は、アニメーション表示可能なViewerとしてXmolとVmdをサポートしているようです。ここでは、vmdと設定します。そうすると、MMTKは、Tempフォルダ下にvmd script、pdb、dcdの3つのファイルを出力します(Tempフォルダは、環境変数で各自設定されている場所です。通常はLocal Settingsフォルダ下だと思います)。

うまく動作すれば、vmdが自動起動され、vmd scriptを読み込み、アニメーション処理となるのでしょうが、私の環境?では、vmdが一瞬起動し、終了してしまいます。vmd scriptを見るとファイルの指定が以下のようになっていました。

 c:\temp\tmpbjpved

このファイル指定を以下のように変更します。

 c:\\temp\\tmpbjpved

変更後、vmdを立ち上げ、プロンプトからscriptを実行すれば、アニメーションが無事、表示されます。


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posted by わばのり at 11:43| Comment(0) | TrackBack(0) | MMTK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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