2006年08月25日

CDKでSSSR

CDKでSmallest Set of Smallest Rings(SSSR)の検出を行い、各ringをsdf形式で保存したいと思います。

まずは、SSSRFinderクラスのfindSSSR()メソッドを用いて、SSSRの検出を行います。SSSRはIRingSetとして取得します。

 SSSRFinder sssrf = new SSSRFinder(mol);
 IRingSet rs = sssrf.findSSSR();

次に、各ringをIRingSetから取り出す作業を行います。
IRingSetはISetOfAtomContainersのサブインターフェースです。ここでは、ISetOfAtomContainersのメソッドであるgetAtomContainer(int number)とgetAtomContainerCount()を用いて各ringを取り出し、ファイル出力を行っています。

 for(int i=0;i<rs.getAtomContainerCount();i++){
  IAtomContainer ac = rs.getAtomContainer(i);
  try {
   mw.write(new Molecule(ac));
  } catch (CDKException e) {
   e.printStackTrace(); 
  }
 }

以下のように各ringに分割されたものがsdf形式で出力できます。

sssr.png
(今回用いたcdkはcdk-20060714です)


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posted by わばのり at 19:03| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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