2006年09月08日

JOELibでShortest Path Length Matrix

JOELibでは、DistanceMatrixクラスを使うことにより、原子ペア間の最短パス長を要素として持つMatrixを取得することができます。

 DistanceMatrix dm = new DistanceMatrix();
 int m[][]=null;
 try {
  DescResult result = dm.calculate(mol);
  m = ((IntMatrixResult)result).value;
 } catch (DescriptorException e) {
  e.printStackTrace(); 
 }

特に、トポロジカルなatom pair descriptorsを自作する際に便利な機能だと思います。


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posted by わばのり at 08:27| Comment(3) | TrackBack(0) | JOELib | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
始めまして、わばのりさん。
記事とは関係ない内容なのですが、質問をしてもよろしいでしょうか?(問題がありましたお手数ですが削除をお願いします)
私は、現在高校生で将来ケミインフォマティクス分野の研究をしたいと思っています。しかし、これからどのような進路で学んでいけばよいかがわからないのです。
調べてみても、大学院の情報しかでなく、大学はどのようにしていけばいいのかが見つかりません。化学系か薬学系か情報系か・・・。
その中でわばのりさんのブログを見つけ、実際に携わっている方のご意見をいただけたらと思い、コメントさせていただいています。
もし、よろしければアドバイスをお願いいたします。
Posted by あるき at 2006年09月10日 20:06
あるきさん:
 cheminformaticsの研究は、化学系、薬学系、情報系の融合分野ですので、どの研究科でも研究されている先生はいます。例えば、日本では、cheminformatics関連の研究成果は、CBI学会、情報化学討論会などで発表されることが多いですので、このような学会で頻繁に発表している大学(研究室)を調べてみるといいと思います。私は情報系の学部を経てcheminformaticsに関連する研究をしましたが、化学系、薬学系を経てcheminformatics関連の研究をされている方も多くいますので、自分の興味のある入口からスタートして、目標に向かって努力されるといいと思います。
Posted by わばのり at 2006年09月10日 23:22
わばのりさん:
お返事ありがとうございます。
今は薬学方面に興味があり出来ればその道に進んでみたいと思っていたので、その方面からアプローチできる方法を探してみようと思います。

実際に働いている方の意見が聞けてよかったです。どうもありがとうございました。
Posted by あるき at 2006年09月12日 00:21
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