2006年09月20日

CDKでXLogPの計算

CDK(cdk-20060714)でXLogPの計算を行ってみます。手順は以下の様になります。

 1. 分子の読み込み
 2. 水素原子の付加
 3. XLogPの入力パラメータ設定
 4. XLogPの計算

水素原子は、HydrogenAdderクラスのaddExplicitHydrogensToSatisfyValency(mol)メソッド等を使って付加する必要があります。また、XLogPの入力パラメータには、checkAromaticityとsalicylFlagの2つがあります。これらはパラメータは、getParameterNames()メソッドにより知ることができます。

XLogP.java:


例として、フェノールのXLogPを計算してみます。
実行結果:
XLogP: 1.616

試しに、checkAromaticityをfalseとして計算してみます。
実行結果:
XLogP: 0.946

値がかなり変わりますね。
通常は、checkAromaticityはtrueでいいかと思います。


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posted by わばのり at 08:09| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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