2006年11月06日

Topological Polar Surface Area

Topological Polar Surface Area (TPSA)は、PSAを高速に計算するための手法です。通常、PSAの計算は、分子の適切な3次元構造を生成させ、surface areaを計算し、PSAを算出するという手順を踏みます。しかしながら、膨大な化合物ライブラリを処理するには、計算時間が問題になったり、また、分子の配座によってPSAが異なるということも留意しておく必要があります。

概要になりますが、TPSAでは、以下の様なシンプルな計算式でPSAを計算しています。

 PSA = (fragment-1の数)*(fragment-1のPSAへの寄与値) + ....
       +(fragment-Nの数)*(fragment-NのPSAへの寄与値)

ここで、fragment-XはTPSAで定義されているfragmentの種類を示しています。また、PSAへの寄与値は、最小自乗法により決定されたものです。詳細は、以下の原著に示されております。

 J. Med. Chem. 2000, 43, 3714-3717.

具体的には、化合物の中に、どのfragmentがいくつ含まれているかを検出し、上記式を適用することにより、PSAを求めることができます。

以上のことから、TPSAは高速かつ3D配座生成を必要としないという大きなメリットをもっていることが分かります。

CDK News Volume 3/2 September 2006, には、CDKのTPSA Descriptorの精度評価を行った論文が掲載されております。特に興味をもったのは、この論文の著者がTPSAの著者と行ったpersonal communicationを引用しているところでした。TPSAのように回帰的な手段を用いた手法では、定義されているfragmentの種類やその寄与値の精度を把握しておくことは重要だと思います。このあたりのディスカッションがとても参考になりました。


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posted by わばのり at 08:15| Comment(0) | TrackBack(0) | CDK | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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