CDKでHOSEコード

HOSE(Hierarchical Organization of Spherical Environments)コード[1]は、部分構造を表現するコードの１つです。ある原子を中心に球形の層を第1層、第2層、第3層...と考慮することによりコード生成を行います。

CDKでは、HOSECodeGeneratorクラスを用いることにより、HOSEコードを生成させることができます。この例では、Caffeic acidを用い、9番目の原子を中心に第3層までコード化しています。

　HOSECodeGenerator hcg = new HOSECodeGenerator();
　try {
　　String HOSE_CODE = hcg.getHOSECode(mol, mol.getAtomAt(9), 3);
　　System.out.println(HOSE_CODE);
　} catch (CDKException e) {
　　e.printStackTrace();
　}

出力(HOSEコード):
　C-2;=CC(C,=OO/=CC,,/)



HOSEコードは、C13 NMRスペクトルの予測に用いられていることで有名ですね。

[1] Anal. Chim. Acta. (1978) 103:355-365



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