2007年06月01日

OpenBabelで分子の配座探索

OpenBabelでエネルギー計算ができるようになって、さらに便利になりました。そこで、超シンプルな配座探索プログラム(obconfopt)を作ってみました。

基本的には、ランダムに配座を発生させ、最安定な配座を探すというランダム探索法を採用しています。

 Step 1. 初期配座の入力
 ↓
 Step 2. torsion角をランダムに設定し、新しい配座の生成。
 ↓
 Step 3. Energy Minimization
 ↓
 Step 4. 前に発生させた配座と異なっていれば保持する。
 ↓
 Step 5. 終了判定

終了するまでは、Step2からStep5を繰り返します。
ここで、Step2はobrotateを、Step3はobenergyとobminimizeを、そしてStep4はobfitを参考にすることができます。簡単ですので、興味のある方は、作ってみてください。

例としてペンタンを使ってテストしました。
obconf2.png

実用レベルで使うには、環構造を考慮したり、ヒューリスティックなアルゴリズムを採用したりとまだまだ改良する部分は多いですが、全くのゼロからobconfoptに相当するプログラムを書くのは、相当大変ですので、OpenBablの便利さを再認識しました。




posted by わばのり at 08:54| Comment(2) | TrackBack(0) | OpenBabel | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
アメリカで有名なOpenEyeご存知ですか?
OEChem"オイーケム"はかなり有望なケムイフォマティックスソフトです。
Posted by Yun at 2007年07月06日 11:32
私もOpenEye社の製品は有望だと思ってます。確かOMEGAはZINCでも3D構造の立ち上げに利用されていたと思います。OEChemを使ってプログラミングしたいですね。
Posted by わばのり at 2007年07月12日 08:46
コメントを書く
お名前:

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント:

認証コード: [必須入力]


※画像の中の文字を半角で入力してください。

この記事へのトラックバック
×

この広告は1年以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。